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bio-sam-mutation 0.4.1

Simple classes for parsing SAM, CIGAR and MD:Z strings, including slices. Methods for calling mutations in HGVS format and looking up consequences using Ensembl VEP REST API. Developed for calling mutations at an expected position in an alignment - e.g. Amplicon sequencing of CRISPR-induced mutations.

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バージョン履歴:

  1. 0.4.1 - February 08, 2016 (26.5KB)

Runtime依存関係 (6):

bio >= 1.4.2
bio-samtools ~> 2.3.4
oj ~> 2.14
rake ~> 0.9
trollop >= 0

Development依存関係 (6):

bundler >= 0
jeweler ~> 2.0
rdoc ~> 3.12
shoulda >= 0
simplecov >= 0
test-unit ~> 3.0

所有者:

作者:

  • Stephen Pettitt

SHA 256チェックサム:

e2b7031dc32fa5bfd535c47be11e71fc8e4310052b991fdbba9c5edea7da8b29

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ライセンス:

MIT

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